diff --git a/chipathlon/workflow.py b/chipathlon/workflow.py index 20ca1c72424a5e6a038a2a8304605e971c1373bc..8f7f0010c0b7c424e2f4765d491a7aa8dfd0c9ee 100644 --- a/chipathlon/workflow.py +++ b/chipathlon/workflow.py @@ -192,26 +192,6 @@ class Workflow(object): self._raise() return - def _download_from_gridfs(self, gridfs_id, output_file): - # Don't want multiple downloads - if output_file not in self.jobs: - inputs = [ - {"name": "host", "type": "string", "value": self.host}, - {"name": "username", "type": "string", "value": self.username}, - {"name": "password", "type": "string", "value": self.password}, - {"name": "id", "type": "string", "value": gridfs_id} - ] - additional_inputs = [] - self.files[output_file] = File(output_file) - outputs = [ - {"name": output_file, "type": "file", "file": self.files[output_file]} - ] - download_job = self.workflow_jobs["download_from_gridfs"].create_job(inputs, additional_inputs, outputs) - if download_job is not None: - self.dax.addJob(download_job) - self.jobs[output_file] = download_job - return - def _load_generators(self): self.align_gen = AlignGenerator(self.dax, self.jobs, self.files, self.mdb, self.modules["align"], self.workflow_jobs, self.basepath, debug=self.debug) self.remove_dup_gen = RemoveDuplicatesGenerator(self.dax, self.jobs, self.files, self.mdb, self.modules["remove_duplicates"], self.workflow_jobs, self.basepath, debug=self.debug) @@ -343,3 +323,4 @@ class Workflow(object): with open(self.basepath + "/input/chipathlon.dax", "w") as wh: self.dax.writeXML(wh) return +����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������