From 46bd2574a267dee5f7dbccdf49d3dcf0f15bd1cd Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: aknecht2 <aknecht2@unl.edu>
Date: Fri, 3 Feb 2017 13:51:56 -0600
Subject: [PATCH] Removed unused _download_from_gridfs function in workflow.py.
Functino now exists in module_generator.
---
chipathlon/workflow.py | 21 +--------------------
1 file changed, 1 insertion(+), 20 deletions(-)
diff --git a/chipathlon/workflow.py b/chipathlon/workflow.py
index 20ca1c7..8f7f001 100644
--- a/chipathlon/workflow.py
+++ b/chipathlon/workflow.py
@@ -192,26 +192,6 @@ class Workflow(object):
self._raise()
return
- def _download_from_gridfs(self, gridfs_id, output_file):
- # Don't want multiple downloads
- if output_file not in self.jobs:
- inputs = [
- {"name": "host", "type": "string", "value": self.host},
- {"name": "username", "type": "string", "value": self.username},
- {"name": "password", "type": "string", "value": self.password},
- {"name": "id", "type": "string", "value": gridfs_id}
- ]
- additional_inputs = []
- self.files[output_file] = File(output_file)
- outputs = [
- {"name": output_file, "type": "file", "file": self.files[output_file]}
- ]
- download_job = self.workflow_jobs["download_from_gridfs"].create_job(inputs, additional_inputs, outputs)
- if download_job is not None:
- self.dax.addJob(download_job)
- self.jobs[output_file] = download_job
- return
-
def _load_generators(self):
self.align_gen = AlignGenerator(self.dax, self.jobs, self.files, self.mdb, self.modules["align"], self.workflow_jobs, self.basepath, debug=self.debug)
self.remove_dup_gen = RemoveDuplicatesGenerator(self.dax, self.jobs, self.files, self.mdb, self.modules["remove_duplicates"], self.workflow_jobs, self.basepath, debug=self.debug)
@@ -343,3 +323,4 @@ class Workflow(object):
with open(self.basepath + "/input/chipathlon.dax", "w") as wh:
self.dax.writeXML(wh)
return
+����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������
--
GitLab